[2.01] Sous le feu de l’ennemi / The Siege : L'expédition d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith -qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague ! McKay imagine un plan intelligent mais risqué, et le temps joue contre lui.

[2.02] I.A. / The Intruder : L'équipe d'Atlantis rend visite à la terre par la porte des étoiles. Pendant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique qui permet aux Wraith d'accéder à son hyperpropulsion - et à la Terre.

[2.03] Chasse à l’homme / Runner : Sur une planète au taux de radiation élevé, l'équipe de Sheppard retrouve Aiden Ford qui réussit à s'échapper et découvre Ronon Dex, un coureur chassé par les wraith.

[2.04] À corps perdu / Duet : Un téléporteur Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête du physicien Mc-Kay. Les scientifiques de la mission vont tout tenter pour que la situation revienne à la normale.

[2.05] Les Condamnés / Condemned : Les membres de l'équipe d'Atlantis visitent un monde épargné par les Wraith. Quand ils s'écrasent dans une colonie pénitenciaire, ils comprennent pourquoi : seuls les prisonniers sont "sélectionnés" par les Wraith.

[2.06] L’Expérience interdite / Trinity : McKay découvre une technologie des Anciens qui a détruit une civilisation. Pourra-t-il l'adapter et l'utiliser pour créer la source d'énergie utile. Pendant ce temps, Ronon rencontre un survivant de sa planète.

[2.07] Instinct / Instinct : Sur le monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith qui a été élevée comme une humaine. Le Dr Beckett travaille à un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN Wraith. Mais que lui arrivera-t-elle si elle se sert du rétrovirus avant qu'il ne soit terminé ? Pendant ce temps, l'équipe fait la connaissance du docteur Keller.

[2.08] Mutation / Conversion : Le colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard?

[2.09] L’Aurore / Aurora : L'équipe découvre un vaisseau de guerre des Anciens échoué à la limite de la galaxie, dont l'équipage est toujours en vie, dans des modules des stase. Sheppard pénètre dans le monde virtuel pour empêcher une invasion wraith .

[2.10] L’union fait la force 1 / The Lost Boys : L'équipe du Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef est le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte.

[2.11] L’union fait la force 2 / The Hive : Sheppard et son équipe sont fait prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau Wraith, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?

[2.12] Tempus Fugit / Epiphany : Sur la planète alien, Sheppard traverse une porte menant à une caverne, et il se retrouve prisonnier d'un monde ou le temps passe plus rapidement. L'équipe doit le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.

[2.13] Masse critique / Critical Mass : Un agent de la confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis. L'équipe doit démasquer l'espion avant que les Wraiths n'arrivent et ne trouvent la cité. Pendant ce temps, Teyla préside aux obsèques d'une amie très chère.

[2.14] L’Ivresse des profondeurs / Grace Under Pressure : McKay est prisonnier d'un jumper englouti. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il lui reste seulement trois heures d'oxygène. La Samantha Carter chimérique de McKay pourra-t-elle sauver la situation ?

[2.15] La Tour / The Tower : L'équipe découvre une planète avec une tour identique à la flèche centrale d'Atlantis. La famille royale est déchirée par les luttes intestines entre les prétendants au trône, et Sheppard devient un pion dans leur jeu.

[2.16] Possédés / The Long Goodbye : L'équipe trouve deux capsules où ont été téléchargés les esprits de deux aliens. Quand les aliens s'emparent des corps de Weir et Sheppard, ils recommencent leur lutte à mort, semant la panique dans la base.

[2.17] Coup d’État / Coup d’État : L'équipe de Sheppard débarque sur une planète alliée durant un coup d'État Genii.

[2.18] Traitement de choc / Michael : Un lieutenant est amnésique et fait des cauchemars sur les Wraith . Il découvrira bientôt la terrible réalité.

[2.19] Inferno / Inferno : L'équipe de Sheppard se porte au secours d'un peuple menacé par une éruption volcanique, et se retrouve coincé dans une ancienne base des Lantiens contenant un ancien vaisseau de guerre, l'Orion.

[2.20] Les Alliés / Allies : Michael et sa faction de Wraith veulent le rétrovirus de Beckett afin de transformer leur rivaux en "nourriture".

Résumé @ Wikipédia

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