[3.01] Illuminatti / The Widow's Son in the Windshield : Un groupe d'adolescents roule sur l'autoroute quand soudain un crâne s'écrase sur leur pare-brise. A l'institut Jefferson, Brennan teste un jeune anthropologue judiciaire pour remplacer Zack, parti pour l'Irak, alors que Camille procède à l'examen approfondi du crâne. Il découvre qu'il présente des marques faites par des dents humaines...
[3.02] La Relève / Soccer Mom in the Mini-Van : Un mini-van explose à proximité d'une aire de repos, tuant la mère de famille qui était au volant. Booth et Brennan arrivent sur les lieux du drame et discutent de Caroline Julian, qui a eu beaucoup de mal à obtenir un droit de visite pour Brennan, à la prison où son père purge sa peine...
[3.03] Monsieur Ed / Death in the Saddle : Dans les bois, un jeune campeur de 11 ans trouve le corps décomposé d'un homme, auquel il manque les pieds et dont les bras sont attachés ; l'équipe va mener son enquête. L'autopsie mène Brennan et Booth à diriger leur enquête vers un pavillon en Virginie, utilisé pour des pratiques sado-maso.
[3.04] Partenaires / The Secret in the Soil : Le corps d'un fermier est retrouvé : les premiers soupçons se portent aussitôt sur les autres fermiers qu'il tentait d'expulser de leurs terres. Mais c'est sans prendre en compte la vie adultère qu'il menait parallèlement.
[3.05] Super héros / Mummy in the Maze : Une momie est découverte par un enfant dans un labyrinthe le jour d'Halloween. Booth et Brennan se rendent compte au fil de leurs recherches qu'il s'agit du cadavre d'un serial killer.
[3.06] Un meurtrier parmi nous / Intern in the Incinerator : Des employés du Jefferson retrouvent un cadavre calciné dans l'incinérateur de l'institut. Booth et Brennan doivent découvrir l'identité du tueur au plus vite car il s'agit visiblement de l'un des leurs. Cette affaire aurait peut-être un lien avec la chambre forte dans laquelle se trouve des objets appartenant à la secte des Gormogons.
[3.07] Retour vers le futur / Boy in the Time Capsule : Une capsule « témoin », devant servir de document historique, enterrée par la promotion 1987 d'un lycée est déterrée par un groupe d'anciens élèves. Ceux-ci sont très choqués lorsqu'ils trouvent à l'intérieur le corps d'un ancien camarade ! Booth et Brennan découvrent que la victime était un élève isolé, aussi décident-ils de fouiller dans le passé de la victime.
[3.08] Gormogon / The Knight on the Grid : Le corps d'un archevêque est retrouvé sur un chantier par des ouvriers. Ses rotules ont été enlevées de façon chirurgicale, ce qui incite l'équipe à revenir à l'affaire du Fils de la Veuve.
[3.09] La Magie de Noël / The Santa in the Slush : C'est la période de Noël et deux Elfes découvrent le corps décomposé d'un homme dans les égouts. La victime s'appelait Kristopher Kringle, un homme estimé dans sa profession.
[3.10] À toute vitesse / The Man in the Mud : Un jeune couple découvre les restes d'un squelette dans une mare de boue chaude située en pleine forêt. Après étude, il s'avère que la victime présente de nombreuses fractures.
[3.11] L'Esprit d'équipe / Player Under Pressure : Un joueur de basketball universitaire est retrouvé mort sous les gradins du terrain. Le malheureux a été écrasé. Brennan et Booth procèdent à l'interrogatoire d'un grand nombre de suspects allant de sa sœur à son entraîneur, en passant par sa petite amie et un joueur moins talentueux, ayant tiré profit de sa disparition.
[3.12] Lorsque l'enfant paraît… / The Baby in the Bough : Une femme est retrouvée morte dans sa voiture, son corps partiellement brûlé. Bien que le véhicule ait quitté la route, le bébé de la victime est retrouvé miraculeusement vivant, non loin de là. Brennan et Booth, chargés de l'enquête, deviennent donc responsables du nourrisson temporairement, tout en recherchant l'assassin dans la petite ville, où vivait la mère.
[3.13] La Raison et le Cœur / The Verdict in the Story : Toute l'équipe du Jefferson est convoquée à la barre lors du procès de Max Keenan pour le meurtre de Kirby, un agent du FBI. Seule Angela refuse de s'y rendre, par amitié pour Brennan et risque de devoir faire face à de lourdes conséquences.
[3.14] Mélodie pour un meurtre / The Wannabe in the Weeds : Le cadavre du jeune chanteur Tommy Sour est retrouvé : il a été décapité et tous ses os sont fracturés. Brennan et Booth enquêtent auprès de son voisin et dans le restaurant où il se produisait souvent. Le nombre des suspects est particulièrement important, vu le nombre de candidats à un concours de chant, où ils espéraient tous se faire remarquer par un agent. L'une des fans de Tommy, bouleversée par sa mort, reporte son affection sur l'agent Booth.
[3.15] L’Apprenti / The Pain in the Heart : Brennan reçoit un paquet contenant une dentition humaine : l'expéditeur n'est autre que Gormogon, un tueur en série. Tandis que Sweets étudie le profil de Gormogon, Zack et Hodgins mènent l'une de leurs expériences, qui se solde par une explosion où Zack est grièvement blessé. C'est à ce moment précis qu'un squelette, importante pièce à conviction se trouvant dans le coffre du sous-sol, est volé..
Résumé @ Wikipédia
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