[4.01] À la dérive / Adrift : Dérivant dans l'espace avec le bouclier protecteur de la cité s'amenuisant, McKay et son équipe font tout ce qu'ils peuvent pour protéger Atlantis tandis qu'une blessure grave menace la vie du Docteur Weir.

[4.02] Dernier recours / Lifeline : Sheppard et son équipe embarquent pour une mission risquée sur la planète mère des Asuran. Leur but consiste à s'emparer de l'un de leur EPPZ afin de renforcer le bouclier de la cité d'Atlantis. Parallèlement, Samantha Carter et l'Apollo font leur possible pour retrouver la cité d'Atlantis qui dérive dans l'espace.

[4.03] Retrouvailles / Reunion : Ronon retrouve trois Satédiens, anciens compagnons d'arme rescapés de la destruction par les wraith de sa planète d'origine. Ils ont une proposition à faire à Atlantis : infiltrer une base wraith dans laquelle des scientifiques tentent de désactiver la commande des Réplicateurs les ayant programmés pour détruire les wraiths.

[4.04] Cauchemar sur Atlantis / Doppelganger : Lors d'une mission interplanétaire, Sheppard est victime d'un cristal quasi similaire à celui que Jack O'Neill avait touché dans la saison 1 à la différence que la forme de vie présente dans ce minéral profite de posséder Sheppard et de s'immiscer dans les rêves de l'expédition d'Atlantis afin de se nourrir de leur peur dont elle est très friande.

[4.05] Les Voyageurs / Travelers : Le Colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre. Larrin, leur commandante souhaite employer sa capacité à utiliser la technologie des Anciens pour arriver à réparer un vaisseau de guerre Ancien.

[4.06] Perte de mémoire / Tabula Rasa : Lorsqu'un virus cause l'amnésie de chacun excepté de Teyla et Ronon, les membres d'Atlantis doivent travailler ensemble pour trouver un remède avant que leur mémoire ne s'efface entièrement.

[4.07] Seules contre tous / Missing : Lors d'une visite sur le nouveau campement Athosien, Teyla et le Docteur Keller se retrouvent poursuivies par une tribu primitive de guerriers.

[4.08] Le Prophète / The Seer : En recherchant les Athosiens, l'équipe rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur fait une sombre prédiction sur l'avenir d'Atlantis. Atlantis apprend également que les Asurans ont décidé d'éradiquer les Wraiths en les privant de source de nourriture... donc en éradiquant les humains.

[4.09] Programmation mortelle / Miller’s Crossing : Peu après un échanges de mails entre Rodney McKay et sa sœur concernant le programme des nanites, cette dernière - toujours sur Terre - est kidnappée par une équipe de commandos.

[4.10] Double collision / This Mortal Coil : Les Asurans partageant les idées de Niam recréent des doubles de Sheppard, McKay, Weir, Teyla et Ronon afin d'observer pourquoi ils n'arrivent pas à atteindre l'Ascension.

[4.11] Alliance forcée / Be All My Sins Remember’d : L'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraiths afin d'éliminer les Asurans une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit et incroyable.

[4.12] Conséquences / Spoils of War : L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret Wraith où elle apprend comment les Wraith ont battu les Anciens.

[4.13] Quarantaine / Quarantine : À cause d'une anomalie atmosphérique due à la nouvelle planète, le système de confinement s'enclenche automatiquement croyant à une épidémie dans Atlantis. Face à ces mesures de sécurité maximales, tous les habitants de la Cité se retrouvent donc pris au piège, sans moyen de communication.

[4.14] Harmony / Harmony : Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.

[4.15] Banni / Outcast : Alors que Sheppard - accompagné de Ronon - est de retour sur Terre pour les obsèques de son père, il est contacté par Ava Daxon, une scientifique ayant travaillé sur un Asuran créé dans un laboratoire terrien... et qui a pris la poudre d'escampette.

[4.16] Trio / Trio : Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le docteur Keller tombent dans une chambre condamnée sur le point de s'effondrer.

[4.17] Infiltration Wraith / Midway : Teal'c se rend sur Atlantis pour conseiller l'impétueux Ronon en vue de l'interview que le CSI veut lui faire passer. Les deux doivent collaborer lorsque les Wraiths envahissent la station spatiale intermédiaire dans le but d'envahir la Terre.

[4.18] Hybrides 1 / The Kindred 1 : Une "nouvelle" épidémie se répand et tue environ 30% de la population des planètes qu'elle contamine. Cependant, il n'existe aucun lien entre elles car l'épidémie frappe au hasard ce qui laisse à penser que la propagation ne suit pas une voie naturelle. Il semblerait que cette épidémie provienne d'une souche "améliorée" du médicament Hoffan.

[4.19] Hybrides 2 / The Kindred 2 : Le Dr. Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original est, bien malgré lui, à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan.

[4.20] Le dernier homme / The Last Man : Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue. Au cours de son exploration, il trouve un hologramme du Dr McKay qui lui explique la situation.

Résumé @ Wikipédia

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