Première diffusion US : le 19 septembre 2009 sur BBC One
Première diffusion FR : le 21 février 2010 sur Canal+ Family
[2.01] La Malédiction de Cornelius Sigan / The Curse of Cornelius Sigan : Un nouveau serviteur, Cedric, tente de remplacer Merlin au service d'Arthur. Il recherche en réalité un cristal qui permettrait le retour d'un ancien sorcier.
[2.02] Un assassin pour Arthur / The Once and Future Queen : Un tournoi s'organise à Camelot, et Arthur veut y participer anonymement. Il ignore que l'un des participants est venu pour le tuer.
[2.03] Le Secret de Morgane / The Nightmare Begins : Les cauchemars de Morgane empirent. En dépit de l'avis de Gaius, Merlin décide de l'amener à des druides.
[2.04] Lancelot et Guenièvre / Lancelot and Guinevere : Par méprise, un bandit croit enlever Morgane, alors qu'il s'agit de Guenièvre. Comme Uther refuse d'intervenir, Arthur décide de partir la sauver.
[2.05] La Belle et la Bête, première partie / Beauty and the Beast: Part One : Une troll parvient à créer une formule lui donnant apparence humaine. Uther tombe rapidement sous le charme, mais Merlin voit vite le tour.
[2.06] La Belle et la Bête, deuxième partie / Beauty and the Beast: Part Two : Uther a épousé la troll et l'a sacré reine. Tous les autres habitants de Camelot la voient désormais sous sa véritable apparence, sauf Uther, sous l'effet du sortilège.
[2.07] Le Chasseur de sorcières / The Witchfinder : Uther est résolu à annihiler la magie dans son royaume. Il fait donc appel au meilleur chasseur de sorcières, qui suspecte vite Gaius et Merlin.
[2.08] Les Péchés du père / The Sins of the Father : Un chevalier s'infiltre dans Camelot et provoque en duel Arthur, avant de découvrir qu'il s'agit d'une femme, Morgause. Sa venue va entraîner la révélation d'un des plus grands secrets de Uther.
[2.09] La Druidesse / The Lady of the Lake : Merlin vient en aide à une jeune femme capturée par Camelot, avant de découvrir ses pouvoirs.
[2.10] Un plan machiavélique / Sweet Dreams : Lors de la signature d'un traité de paix à Camelot, l'un des participants fomente avec son serviteur pour déclencher une nouvelle guerre, quitte à utiliser la magie.
[2.11] Le Cristal de Neahtid / The Witch's Quickening : Un sorcier pénètre dans Camelot et demande à Morgane de voler le Cristal de Neahtid, une puissante relique magique.
[2.12] Les Sortilèges de Morgause / The Fires Of Idirsholas : Les feux d'Idirsholas sont allumés, ce qui laisse présager le pire pour Camelot. Arthur et Merlin partent combattre pour prévenir l'arrivée d'une armée de morts.
[2.13] L’Attaque du grand dragon / The Last Dragonlord : Le dragon a été libéré et prend d'assaut Camelot. Gaius envoie donc Merlin chercher le dernier dragonnier capable de l'arrêter, mais tient à le préparer à cette rencontre.
Résumé @ Wikipédia
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