[6.01] L'apocalypse / Zod : Clark se trouve dans la Zone Fantôme, un univers parallèle désertique dans lequel les Kryptoniens enfermaient les pires criminels des 28 galaxies. Il y fait la connaissance de Raya, une ancienne assistante de Jor-El qu'on a envoyée dans la Zone pour la sauver de la destruction de Krypton. Elle lui révèle qu'en tant que fils du créateur de cet univers, il a la possibilité de le quitter à tout moment. Mais lorsque Clark quitte ce monde, six autres détenus réussissent à le suivre jusqu'à la Terre.

[6.02] Sous surveillance / Sneeze : Lex se sent menacé, les évènements du nouveau "jeudi noir" pourraient lui avoir crée de nouveaux ennemis. Pendant ce temps, pour la première fois de sa vie, Clark tombe malade (conséquence possible de son séjour dans la Zone Fantôme).

[6.03] Paradis perdu / Wither : Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements...

[6.04] L'archer vert / Arrow : Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise.

[6.05] Post mortem / Reunion : La réunion d'anciens élèves de l'académie Excelsior, une école privée où sont allés Lex et Oliver Queen, tourne au drame. Les retrouvailles font remonter de mauvais souvenirs à la surface. A l'époque, Lex et son ami Duncan étaient les souffres-douleur d'Oliver et sa bande. Ceux-ci semblent frapper les uns après les autres par de tragiques accidents mortels. Une série de drames qui ressemble fort à une vengeance.

[6.06] Le duel / Fallout : Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor.

[6.07] Indestructible / Rage : Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux. Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père.

[6.08] Haute fréquence / Static : Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu. Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué.

[6.09] Sous terre / Subterranean : Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir.

[6.10] Eaux troubles / Hydro : Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin. Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet. Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow.

[6.11] Les cinq fantastiques / Justice : Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve. Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp.

[6.12] Juste une illusion / Labyrinth : Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos superpouvoirs, une descendance alien et une identité secrète.

[6.13] Loïs et Clark / Crimson : C'est la Saint Valentin et Lois et Clark rumine chacun de leur côté le désastre leur vie affective. Lois se laisser tenter par nouveau rouge à lèvres à base de kryptonite rouge. Envoutée, elle jette son dévolu sur Clark et décide de passer à l'action. L'effet de la kryptonite rouge pourrait bien faire resurgir le mauvais Clark. Lana fait la paix avec Chloé et lui demande d'être sa demoiselle d'honneur.

[6.14] Harcèlement / Trespass : Lana est déterminée à découvrir le secret de Clark. La jeune femme est cependant préoccupée par autre chose : quelqu'un semble l'observer et la traquer. Inquiet, Lex place des hommes pour la protéger. Lana décide cependant de faire appel à Chloé.

[6.15] Le cobaye / Freak : Clark et Chloe découvrent que Tobias, un de leurs anciens camarades aveugle depuis la dernière pluie de météorites, a la capacité d'identifier les personnes infectées par ces météorites. Il est utilisé par le Dr Bethany afin de localiser des cobayes pour ses expériences financées par Lex lui-même.

[6.16] Le mariage / Promise : Le grand jour est arrivé : Lex et Lana vont se marier ! Clark s'en veut d'avoir laissé ainsi filer l'élue de son coeur. Chloé tente de convaincre son ami à agir et empêcher ce mariage. Lex, pour sa part, craint que Lana renonce au dernier moment à l'épouser. Un coup de fil pourrait bien tout faire basculer.

[6.17] L'homme d'acier / Combat : Depuis le mariage de Lex et Lana, Clark dépense son énergie et sa colère en s'attaquant aux malfrats qui rôdent dans les parages. Oliver informe son ami de l'existence d'un club de combat sur internet où s'affrontent des individus contaminés par la kryptonite.

[6.18] Manipulation / Progeny : Chloé confie à Clark qu'elle a des absentes répétées. Que fait-elle durant toutes ces heures dont elle ne se souvient pas ? Ensemble, ils découvrent qu'elle a agressé Lex la nuit dernière pour lui voler un disque dur. Surprise, Chloé y découvre des données en rapport avec sa mère, Moira, internée depuis des années dans un asile.

[6.19] Némésis / Nemesis : Une explosion dans des souterrains près de Smallville alerte les autorités. L'épouse d'un soldat des Forces Spéciales y retient Lex en otage. Persuadée que son mari n'a pas péri dans le crash d'un hélicoptère, elle a mené sa propre enquête et découvert l'implication de LuthorCorp. Déterminée à découvrir la vérité, elle menace de tout faire exploser si Lex ne passe pas aux aveux.

[6.20] Un grand classique / Noir : Un drame est survenu au Daily Planet ! Lana a été grièvement blessée par un inconnu. Chloé et Jimmy, qui ont aperçu le tueur, n'ont pas eu le temps de l'identifier. Et la victime, inconsciente, est hospitalisée. Clark se met aussitôt sur l'affaire avec Chloé, pendant que Lois mène sa propre enquête. Bien que personne ne lui ait demandé son avis, Jimmy semble avoir sa propre théorie.

[6.21] Projet Ares / Prototype : Lex développe dans le plus grand secret le projet Arès, une expérience effectuée sur Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan. Lorsque le sénateur Burke, impliqué dans l'affaire, menace de mettre fin à leur association, Lex décide de se débarrasser de lui en utilisant sa nouvelle "arme". Lois, témoin de l'attaque, reconnaît Wes qu'elle a connu dans un camp militaire.

[6.22] Révélation / Phantom : Lionel révèle à Lex qu'il a forcé Lana à l'épouser. La jeune femme, agacée par tous ces mensonges, est décidée à quitter Lex. Depuis la mort de Wes, Lois mène sa propre enquête pour découvrir les dessous de cette affaire. Elle est possession d'une série de numéros que Wes ne cessait de répéter avant de succomber.

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