[4.01] Renaissance / Crusade : Tandis que Jonathan Kent est dans le coma, Clark retourne à Smallville en tant que Kal-El avec l'intention de réaliser sa destinée. Il rencontre Lois Lane, arrivée à Smallville pour enquêter sur la mort de Chloe. L'émissaire de M. Swann, Bridgette Crosby, arrive pour aider Martha et lui donne une nouvelle sorte de kryptonite, la kryptonite noire. Lana est à Paris avec un nouveau petit ami, Jason. Lex trouve une puissante pierre kryptonnienne dans une statuette égyptienne.

[4.02] Confrontations / Gone : Clark et Lois Lane enquêtent sur la mort apparente de Chloé, mais sont arrêtés par le Général Sam Lane, le père de Lois. Lois le suspecte d'en savoir plus qu'il n'en dit sur la mort de Chloé et tente d'en apprendre davantage. Après avoir découvert que Lex l'a aidé à rester dans la clandestinité, Clark essaye de la retrouver avant que l'assassin de Lionel ne réussisse à la tuer.

[4.03] Beauté empoisonnée / Facade : Jason Teague, le petit ami de Lana, après l'avoir suivie à Smallville, prend la place de coach sportif. Tout deux essayent de tenir leur romance secrète à l'école. Abby Fine, une étudiante, se tourne vers la chirurgie esthétique pour améliorer son apparence et renforcer sa popularité. Les choses tournent mal quand elle découvre que son cocktail de beauté à la kryptonite cause du tort à tous ceux qu'elle embrasse.

[4.04] Fou d'amour / Devoted : Les pompomgirls du lycée font boire des filtres d'amour à base de kryptonite aux joueurs de football. Le résultat permet à Clark de devenir le quaterback de l'école. Cependant, Chloe et Jason en boivent aussi et tandis que Chloe fait des avances à Clark, Jason essaye de le tuer. Clark et Lois enquêtent et découvrent la vérité ainsi que l'antidote. Après qu'il lui a sauvé la vie, Clark décide de donner une seconde chance à Lex.

[4.05] Sans limite / Run : Clark tente de traquer Bart Allen, un gamin qui a volé le portefeuille de Jonathan après lui avoir sauvé la vie, mais il est plus rapide que Clark. Plus tard, Bart arrive à la ferme pour se faire pardonner. Lex achète un manuscrit avec des symboles kryptoniens et Clark découvre qu'il contient une carte cachée menant à l'une des pierres Kryptonienne censée conférer une grande puissance.

[4.06] Dans la peau d'un autre / Transference : L'une des pierres kryptoniennes appelle Clark qui se rend à la prison où est détenu Lionel. Quand il voit Lionel tenter de poignarder Lex avec la pierre, Clark s'interpose. Il échange alors son corps avec lui. Apprenant à se servir de ses nouveaux super pouvoirs, Lionel commence aussitôt à ravager Smallville. Piégé derrière les barreaux sans ses pouvoirs, Clark essaye de trouver un moyen pour récupérer son corps et ses pouvoirs afin de sauver ses amis et sa famille.

[4.07] La force des mots / Jinx : Un étudiant étranger, Mikhail Mxyzptlk, joue les bookmaker. Il a le pouvoir de persuasion et l'utilise pour fixer les événements sportifs. Clark et Chloe essayent de comprendre comment il contrôle tout le monde. Jonathan veut que Clark quitte l'équipe après avoir blessé un autre joueur à cause de Mikhail. Jason est viré après que Lex ait révélé sa liaison avec Lana. Celle-ci pense alors que c'est Clark qui a fait renvoyer Jason.

[4.08] Les trois sorcières / Spell : Dans son enquête sur son ancêtre, la comtesse française Isabelle, Lana trouve son grimoire mais lorsqu'elle le touche, celle-ci se réincarne dans son corps. La comtesse est en fait une sorcière, brulée au XVIIe siècle avec ses deux acolytes. Possédée, Lana réveille ses partenaires dans les corps de Lois et Chloe.

[4.09] De père en fils / Bound : Lex est accusé d'avoir tué une jeune femme et Clark décide de prouver son innocence. Jurant qu'il est un homme changé, Lionel offre ses services à Clark. Pendant ce temps, Lana rencontre la mère de Jason, Genevieve Teague, et est troublée lorsqu'elle se rend compte qu'elle a rêvé d'elle avant de la rencontrer.

[4.10] Peur panique / Scare : Un des laboratoire de LuthorCorp explose, laissant échapper dans Smallville une dangereuse toxine.Jason, Lana, Chloé, Clark, et Lex sont infectés mais Clark lui arrive a s'en sortir.Cette toxine provoque leur plus grande peur puis ils tombent dans le comas et meurent d'une crise cardiaque.A la fin de l'épisode on apprend que Jason quitte Lana.

[4.11] Seul / Unsafe : Guérie, Alicia Baker est libérée de Belle Rive et revient à Smallville. D'abord sceptique sur son rétablissement, Clark jouit enfin d'une relation avec quelqu'un qui connait son secret. Cependant, quand elle lui demande de fuir en Californie avec elle, il refuse si bien qu'elle utilise la kryptonite rouge sur lui. Clark l'emmène alors à Las Vegas où ils se marient. Dans un esprit de reconquête Lana décide de perdre sa virginité avec Jason .

[4.12] Désignée coupable / Pariah : Lorsque Lana et Jason sont attaqués, Alicia est le principal suspect. Clark commence lui aussi à avoir des doutes sur sa copine lorsque les preuves s'accumulent. Blessée, Alicia met en place un stratagème pour révéler les pouvoirs de Clark à Chloé. Le plan réussit mais Alicia est tuée par le véritable agresseur. Clark entre alors dans une violente colère et Lois l'empêche d'éliminer le tueur. De son côté, la mère de Jason débarque à Smallville et fait une offre à Lex.

[4.13] Jeu dangereux / Recruit : Pour recruter Clark dans son équipe de football, l'université de Metropolis envoie son joueur fétiche, lui aussi originaire de Smallville Geoff Johns, pour lui montrer les avantages de jouer avec eux. Cependant, après qu'un des joueurs de l'université est paralysé dans des circonstances mystérieuses, Lois est arrêté pour l'avoir paralysé. Pendant ce temps, Chloe essaye d'inciter Clark à lui dire son secret.

[4.14] Entre chien et loup / Krypto : Sur la route, Lois heurte accidentellement un chien et le ramène à la ferme. Clark se rend compte que ce n'est pas un chien ordinaire quand il tire un tracteur sur la pelouse. Clark et Lois apprennent que le chien a été volé à LuthorCorp qui utilisait de la Kryptonite pour des expériences visant à créer des "surchiens".

[4.15] Dans l'enfer de Shanghaï / Sacred : Après avoir appris que Jason et Lex sont en Chine et recherchent l'une des pierres kryptonienne, Clark et Lana les suivent dans l'espoir de la trouver d'abord. Clark trouve un artefact qui les conduit à la pierre, mais il doit combattre Isabel Thoreaux, la sorcière possédant Lana, qui souhaite prendre la pierre elle-même.

[4.16] Lucy / Lucy : La sœur cadette de Lois, Lucy, arrive en ville et charme tous ceux qu'elle rencontre. Cependant, Clark découvre son côté sombre après l'avoir surprise en train de voler l'argent du Talon. Lois est kidnappée et Clark comprend les véritables intentions de la nouvelle venue. Pendant ce temps, la pierre de Shanghai disparaît de l'appartement de Lana et Jason accuse Lionel de l'avoir volée.

[4.17] Lex contre Lex / Onyx : Un aperçu du futur de Lex Luthor est révélé après qu'une explosion de kryptonite le divise en deux. Son mauvais côté - Alexander - est alors libéré. Alexander emprisonne immédiatement Lex dans le manoir et tente de tuer Clark et Chloe. Après avoir découvert le secret de Clark, il tente de le convaincre de le rejoindre.

[4.18] De corps en corps / Spirit : À sa grande surprise, Chloe est nominée pour être Reine de la Promotion au bal du lycée. Sa rivale, Dawn, tombe en voiture dans un ravin rempli de kryptonite. Son esprit est alors libéré et se ballade dans tous les corps qu'elle veut. Chloe est élue reine de la promo et Dawn décide de l'utiliser pour se venger des autres lycéens.

[4.19] Amnésie / Blank : Kevin, un garçon qui peut effacer la mémoire des gens, s'attaque à Clark et lui cause une amnésie totale. Chloe découvre ce qui s'est passé et renseigne Clark au sujet de ses super pouvoirs (elle en découvre d'ailleurs d'autres!) tout en essayant de l'empêcher de révéler accidentellement son secret à son entourage. Sans sa mémoire, Clark rencontre et tombe amoureux de Lana à nouveau.

[4.20] L'enfant qui venait d'ailleurs / Ageless : lark et Lana découvrent un bébé abandonné dans un champ de blé et le ramène à la ferme des Kent. Cependant, Evan, né d'une mère affectée par la kryptonite, atteint l'âge de 14 ans en seulement 48 heures. Clark et Lana cherche, avec l'aide de Lex, un moyen d'arrêter sa croissance accélérée qui finira par le tuer.

[4.21] À jamais / Forever : Clark doit arrêter Brendan Nash, le photographe de l'école, après qu'il a enfermé des élèves dans une reproduction du lycée afin de conserver ses jours de gloire. Lex et Lionel sont kidnappés et torturés par les Teagues qui veulent savoir où se trouvent les pierres kryptoniennes. Lionel révèle qu'il a donné la pierre de Shanghai à Lana car elle est l'élue. Geneviève décide alors de s'occuper d'elle.

[4.22] Chaos / Commencement : Une deuxième pluie de météorites menace Smallville et Clark est forcé d'écouter Jor-El et de récupérer toutes les pierres kryptoniennes. Geneviève s'attaque à Lana mais Isabel la possède et tue Geneviève libérant ainsi Lana de son tatouage, et donc de son emprise. Clark retrouve les trois pierres et les réunit dans la grotte tandis que Jason débarque chez les Kent menaçant de tuer Martha et Jonathan s'ils ne lui révèlent pas où sont cachées les pierres. Quand tout sera revenue dans l'ordre Lana avouera à Clark quelle l'aime et vice versa.

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