[3.01] Menace sur la Terre / No Man’s Land : Suite à leur plan secret, les Wraiths se dirigent vers la Voie Lactée afin d'y trouver une nouvelle source de nourriture : des milliards d'êtres humains.

[3.02] Transformation / Misbegotten : Le Dédale est endommagé et perd son air. Heureusement, le gaz restant à bord est utilisé afin de transformer tous les Wraith du vaisseau ruche (responsable des dégâts) en humains. Ainsi, tous les hommes à bord du Dédale migrent vers le vaisseau ennemi désormais inoffensif. Cependant, un problème se pose au sujet de leur avenir.

[3.03] Irrésistible / Irresistible : L'équipe d'Atlantis découvre Lucius Lanvin, un homme adoré de tous. Ce dernier va avoir un effet inattendu sur eux.

[3.04] Face à face / Sateda : Ronon Dex se fait capturer par des Wraith et revient sur son monde natal. Là, son passé va le hanter et il va de nouveau devenir leur proie.

[3.05] Copies conformes / Progeny : L'équipe fait la connaissance des Asuran(réplicateur humanoide) une civilisation très avancée qui s'est séparée des Ancien. Mais au fur et à mesure du temps, ils vont découvrir qu'eux aussi veulent s'emparer d'Atlantis.

[3.06] Le Monde réel / The Real World : Le Docteur Weir se réveille dans une institution pour les personnes souffrant de troubles mentaux. Là, elle y apprend que le SGC et l'expédition d'Atlantis ne sont que le fruit de son imagination. Mais très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle.

[3.07] Intérêts communs / Common Ground : Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.

[3.08] La Guerre des génies / McKay & Mrs. Miller : De retour sur Terre, McKay reprend contact avec sa sœur, tout aussi brillante que lui. Cette dernière vient de mettre au point une formule révolutionnaire pour trouver de l'énergie, ce sur quoi son frère a travaillé avec comme seul succès la destruction d'un système solaire.

[3.09] La Machine infernale / Phantoms : L'équipe ne parvient pas à retourner sur Atlantis suite à une onde basse fréquence Wraith. Cette dernière cause des hallucinations chez les humains et perturbe le champ électromagnétique affectant également les appareils de transmission et de communication.

[3.10] Exil forcé 1 / The Return 1 : Alors que des Anciens n'ayant pas encore effectué l'Ascension reviennent sur Atlantis, les Asuran décident d'envahir la cité.

[3.11] Exil forcé 2 / The Return 2 : L'équipe doit libérer O'Neill et Woolsey, tous deux prisonniers des Asuran occupant Atlantis.

[3.12] Le Chant des baleines / Echoes : Toutes l'équipe de la cité est victime d'étranges visions lorsque de mystérieux animaux marins s'approchent d'Atlantis.

[3.13] Invincible / Irresponsible : L'équipe retrouve Lucius Lanvin en train d'utiliser un bouclier ancien le rendant invincible. Il profite de cette technologie afin de se faire passer pour un être courageux et se faire ovationner par les habitants locaux.

[3.14] Le Péril de la sagesse/ Tao of Rodney : McKay a acquis de nouvelles capacités et décide de recalibrer la consommation en EPPZ de la cité. Hélas, tout ne va pas se passer comme il l'espère et son activité cérabrale va s'emballer. La seule issue à sa survie est l'Ascension mais McKay se montre réticent à croire des choses que la science n'explique pas.

[3.15] Les jeux sont faits / The Game : McKay et Sheppard se lancent dans un jeu de simulation de vie. Mais lorsque leurs deux civilisations sont sur le point d'entrer en guerre, ils se rendent compte que tout n'est pas si virtuel qu'ils le croyaient en arrivant sur une planète dont les habitants ont exactement le niveau technologique, ressources... que ce qu'ils avaient dans leur partie.

[3.16] Âmes en détresse / The Ark : En découvrant une station orbitale, l'équipe réveille les derniers survivants d'une civilisation. Mais les choses vont dégénérer lorsque l'un d'entre eux apprend que sa famille a été sacrifiée.

[3.17] Une question d’éthique / Sunday : Alors que la cité est paisible et que tout le monde vaque à ses occupations, une explosion retentit, faisant de nombreux dégâts. L'origine serait une tumeur explosive et Beckett compte tout faire pour qu'il n'y ait pas d'autre victime... en négligeant sa propre sécurité.

[3.18] Immersion / Submersion : L'équipe se met à la recherche d'une nouvelle source d'énergie, sous la surface de l'océan. La station de forage Ancienne serait une source d'énergie inépuisable et donc vitale pour les besoins de la cité. Une fois sur place, Teyla perçoit une étrange présence. Il semblerait que l'équipe ne soit pas seule à bord de la station.

[3.19] L’Équilibre parfait / Vengeance : Michael crée une nouvelle race pour se venger du traitement qu'il a reçu des Wraith et des hommes. Les survivants de Taranis en feront les frais.

[3.20] Nom de code : Horizon / First Strike : L'arrivée d'un nouveau vaisseau sur Atlantis est synonyme d'une frappe préventive sur les Asuran. Il s'ensuit une contre-attaque de ces derniers qui met à mal les réserves d'énergies d'Atlantis.

Résumé @ Wikipédia

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