[6.01] Haute trahison / Last Man Standing : 126 jours ont passé depuis la mort du directeur Jenny Shepard. Gibbs est maintenant à la tête d'une nouvelle équipe composée des agents Lee, Keating et Langer. McGee est, quant à lui, chef d'une équipe de Geeks, DiNozzo est agent embarqué sur un porte-avions et Ziva est retournée au Mossad. Abby lance un ultimatum à Gibbs, si ses 3 anciens collègues ne sont pas revenus d'ici 12 jours, elle démissionne. Gibbs apprend que le démantèlement de son équipe n'était pas une punition mais plutôt une mission. En effet, il doit découvrir qui est la "taupe" du NCIS.

[6.02] Agent embarqué / Agent Afloat : Un lieutenant se suicide sur le porte-avions où se trouve DiNozzo depuis 132 jours. Tony va découvrir avec l'aide de ses anciens coéquipiers que ce suicide pourrait avoir un lien avec une série de meurtres.

[6.03] En toute confiance / Capitol Offense : Un sénateur, ami personnel de Gibbs, se retrouve impliqué dans le meurtre d'une femme lieutenant de la Navy : elle était la maîtresse du politicien. Pendant ce temps, Abby est à la recherche du voleur son gâteau : elle est prête à tout pour le retrouver

[6.04] Retrouvaille / Heartland : Alors qu'ils sont virés d'un bar, deux marines font l'objet d'une agression. Un autre marine (qui les accompagnait) en retrouve un mort et un sérieusement amoché. Le meurtre de ce marine conduit Gibbs et son équipe à Stillwater, la ville natale de Gibbs. Lors de son arrivée, il rend visite à son père.

[6.05] Protéger et honorer / Nine Lives : Une jeune femme découvre son voisin, un marine, mort après avoir été torturé. L'équipe de Gibbs enquête en collaboration avec l'agent Fornell (FBI).

[6.06] Primitus Victor / Murder 2.0 : Le NCIS découvre le cadavre d'un Marine dans une citerne d'eau. Dans la bouche de ce dernier: un papier sur lequel est inscrit une adresse Internet. Le site mène l'équipe jusqu'à un deuxième cadavre dans la bouche duquel se trouve un autre papier sur lequel est écrit: "Hello Agent Gibbs".

[6.07] Question d'instinct / Collateral Damage : L'agence bancaire de Quantico se fait dévaliser tandis que l'agent spécial Michelle Lee est de retour.

[6.08] Domino 1 / Cloak : Un livreur dépose un colis à une base militaire ultra protégée, colis qui s'avère contenir un corps congelé. Il s'agit en réalité d'une ruse, afin que Ziva et Dinozzo puissent investir la base pour évaluer la protection du dispositif ultra secret Domino.

[6.09] Domino 2 / Dagger : L'équipe entière doit se baser sur les déclarations d'une traîtresse pour fermer la brèche ouverte au NCIS.

[6.10] Fight club / Road Kill : Un marine est retrouvé mort. Il était membre d'un fight club.

[6.11] Le fantôme de Noël /Silent Night : À l'approche de Noël, lors d'une livraison, un coursier découvre deux cadavres dans une maison et aperçoit un suspect à l'intérieur. En arrivant sur les lieux du double meurtre, la police découvre des empreintes qui correspondent à celle d'un Marine qui est censé être mort depuis 15 ans.

[6.12] Otages /Caged : Lors du tournage d'un film d'horreur, un cadavre aux majeurs sectionnés est retrouvé. Gibbs connaît la coupable qui est actuellement incarcérée pour meurtre. Alors que Dinozzo et Ziva se disputent le droit d'aller faire avouer la coupable, Gibbs désigne McGee. Mais lors de l'interrogatoire, une émeute se produit lorsqu'un garde est retrouvé assassiné. Les prisonnières décident de prendre les gardes en otage ainsi que McGee, qui doit élucider l'énigme.

[6.13] Le porteur de mort / Broken Bird : L'équipe de Gibbs est appelée pour le meurtre d'un quartier-maître, à proximité de chez lui. Alors que Ducky et Palmer s'occupent du corps du marin, une femme afghane interpelle et poignarde Ducky en l'accusant de crime de guerre.

[6.14] La bague au doigt / Love & War : Le capitaine de vaisseau Thomas Jennings est porté disparu par sa fille : il ne l'a jamais retrouvée au restaurant comme initialement prévu. Le corps du capitaine est rapidement retrouvé par le shérif du comté et le NCIS est appelé pour découvrir son meurtrier. Tout le monde est suspect : sa gouvernante cubaine, ses collègues de travail du laboratoire de la Navy, sa fille et son fiancé. Est-il mort à la suite d'un acte de trahison ?

[6.15] Force de dissuasion / Deliverance : Un jeune marine est retrouvé mort dans un immeuble abandonné, tué d'une balle de revolver et encore enchaîné. Gibbs découvre qu'un emplacement était réservé pour un deuxième prisonnier. Le matricule de marine de Gibbs a été écrit sur le mur, avec du sang.

[6.16] La règle 38 / Bounce : Le cadavre d'un Marine est retrouvé dans une poubelle. Durant leur investigations, Gibbs et DiNozzo découvrent qu'un homme que DiNozzo à arrêter (pendant la periode où Gibbs était à la retraite) pourrait être lié, de près ou de loin, à l'affaire. Gibbs décide donc de placer DiNozzo à la tête de l'équipe pendant toute la durée de l'enquête.

[6.17] La chevauchée sauvage / South by Southwest : Après le meurtre d'un agent, l'équipe se rend dans le désert pour tenter de retrouver une femme qui pourrait en savoir beaucoup sur l'affaire.

[6.18] K.O. / Knockout : Leon Vance, directeur du NCIS, décide de s'occuper personnellement de l'affaire de fusillade à Chicago, qui à coûté la vie à son ami Tyler, un ancien boxeur. Gibbs craint que le directeur n'outrepasse sa juridiction, comme l'avait fait son prédécesseur. En effet, aucun dossier ne signale que Tyler a pu faire partie de la Navy.

[6.19] Innocence perdue / Hide and Seek : Les agents du NCIS enquêtent sur une arme découverte par Noah Taffet, un enfant, dans un parc de jeu de la base navale de Norfolk. L'expertise de l'arme démontre qu'elle a été utilisée il y a peu de temps. Le NCIS est convaincu qu'il a en fait découvert le corps de la victime et pris l'arme qui se trouvait juste à côté.

[6.20] L'heure des comptes / Dead Reckoning : Gibbs est contacté par Trent Kort qui lui demande de lui rendre un service. Gibbs accepte de le rejoindre dans un entrepôt abandonné et, quand il arrive sur place, il trouve l'agent de la CIA ainsi que deux cadavres. Gibbs et son équipe décident donc de travailler conjointement avec Kort pour faire tomber l'un des criminels les plus recherché par le NCIS.

[6.21] Échec et mat / Toxic : Abby doit se rendre chez le dentiste, mais après sa visite des agents du FBI lui annoncent qu'un scientifique du gouvernement est porté disparu, Abby est recrutée pour continuer son travail, mais l'équipe a peur qu'elle rencontre le même destin que son prédécesseur.

[6.22] Légende / Legend 1 : Gibbs et McGee partent à Los Angeles et travaillent avec le Bureau des projets spéciaux du NCIS pour résoudre le meurtre d'un fusiller de la Marine.

[6.23] Légende / Legend 2 : Pendant que Gibbs, McGee et l'agent spécial Callen tentent de démasquer une cellule terroriste, Tony est obligé de remettre en question la loyauté de Ziva envers le NCIS.

[6.24] Poker menteur / Semper Fidelis : Une fuite dans la sécurité du secrétariat d'Etat a conduit à la mort d'un agent de l'ICE. Le NCIS et le FBI héritent de l'enquête. L'équipe de Gibbs collabore avec Fornell et l'agent Julia Foster-Yates de l'ICE pour trouver le meurtrier. Abby parvient à retrouver la trace de l'homme. Il s'agit d'un agent dormant, le terroriste international Abin Tabal. Les agents se lancent à sa poursuite.

[6.25] Aliyah / Aliyah : L'équipe se rend à Tel Aviv pour rencontrer le directeur du Mossad qui souhaite que Tony se justifie à propos de la mort de Michaël Rivkin.

Résumé @Wikipédia

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