[5.01] À découvert / Bury Your Dead : Cet épisode commence là où la saison 4 s'est arrêtée. Tony est toujours sous couverture (Antony DiNardo) et rencontre le père de sa petite amie, René Benoît (La Grenouille) qui est rechercher par le NCIS pour trafic d'armes. Plus tard, la voiture de Tony explose alors qu'il suivait La Grenouille.

[5.02] Ces liens qui nous unissent... / Family : Un Quartier-Maître se rend à une fête lorsqu'il est heurté par un automobiliste qui vient de griller un stop. Tandis que le jeune homme descend de sa voiture afin de vérifier que l'autre conducteur va bien, ce dernier sort une arme et le tue, ainsi que sa compagne, jeune maman. Les choses se compliquent pour l'équipe du NCIS qui enquête sur cette histoire lorsqu'ils découvrent que le bébé du couple a disparu.

[5.03] Ex-File / Ex-File : Le Colonel Hollis Mann enquête sur le décès d'un Capitaine de la Marine qui travaillait au service renseignements de la Défense conjointement avec l'Armée. Il est retrouvé par sa femme et son amie qui s'avère être l'ex troisième femme de Gibbs. L'équipe a quelques pistes à creuser dès le départ. Les choses deviennent intéressantes lorsque l'on découvre que l'un des suspects est l'ex-femme de Gibbs.

[5.04] Le visage du diable / Identity Crisis : L'équipe du NCIS enquête sur la mort d'un homme dont l'identité est inconnue et appelé John Doe. Ducky découvre lors de l'autopsie qu'il a été assassiné alors que l'hypothèse initiale était une mort naturelle. L'équipe prend conscience de l'existence d'un criminel de génie capable d'effacer les moments désagréables du passé. On découvre vite que John Doe était impliqué dans des affaires louches, dont entre autres l'effacement d'identité.

[5.05] La veuve noire / Leap of Faith : Après avoir été appelé sur les lieux, Gibbs tente d'empêcher un jeune Marine du nom de Daniel Arnett de sauter d'un immeuble. Celui-ci veut en effet en finir avec la vie car il est soupçonné de liens avec des terroristes. Alors que Gibbs pense avoir réussi à le raisonner, une détonation retentit et le jeune homme s'effondre, mortellement atteint. L'équipe du NCIS enquête alors sur cet assassinat et se penche sur le profil de la victime en analysant sa vie.

[5.06] La chimère / Chimera : L’équipe du NCIS est héliportée sur un bateau de recherches naval top secret nommé le Chimera, afin d'enquêter sur la mort d’un membre d’équipage. Jenny se dispute avec le commandant de la mission du bateau. Sur place, ils découvrent un bateau abandonné ainsi qu'un secret qui pourrait leur coûter la vie.

[5.07] Requiem / Requiem : Gibbs reçoit la visite d'une personne issue de son passé, qui n'est autre que la meilleure amie de Kelly, sa fille décédée. Celle-ci, harcelée par un Marine, vient lui demander de l'aide pensant qu'il est le seul à pouvoir l'aider. Cette affaire prend une tournure dangereuse mettant en danger la vie d'un des membres de l'équipe.

[5.08] Erreur sur la cible / Designated Target : Un taxi fait tout ce qu'il peut pour emmener un Amiral à l'heure à une réunion lorsque des hommes armés tirent sur la voiture à plusieurs reprises et tuent l'Amiral et le chauffeur. L'équipe du NCIS arrive rapidement pour enquêter et pour découvrir si oui ou non l'Amiral était la cible de cette attaque.

[5.09] Un garçon d'exception / Lost and Found : Un groupe de scouts fait une visite au NCIS. Abby fait tester les empreintes d'un des garçons, Carson, pour leur expliquer le fonctionnement de l'AFIS. La recherche donne curieusement un résultat et il s'avère que le scout est recherché pour enlèvement : son père, un vétéran commando, aurait dérobé sa garde.

[5.10] Super soldat / Corporal Punishment : Le Caporal des Marines Damon Werth, décoré pour héroïsme en Irak, mais souffrant depuis de stress post-traumatique, s'évade de l'hôpital de Bethesda où il était enfermé, kidnappant en même temps un psychiatre. L'équipe du NCIS est chargée de l'enquête, ce qui s'avère vite dangereux lors d'une confrontation, car Werth se croit encore en Irak.

[5.11] Un homme de foi / Tribes : L'équipe du NCIS est chargée d'enquêter sur le décès d'un Marine de confession musulmane, retrouvé assassiné près d'une Mosquée. McGee découvre que le FBI est lié à l'affaire : en effet, en installant secrètement un micro dans la Mosquée, il fait apparaitre un autre micro de l'agence fédérale, caché préalablement sur les lieux.

[5.12] Etroite surveillance / Stakeout : L'épisode débute montrant l'équipe en planque face à un garde-meubles qui abrite un nouveau et coûteux radar que la Marine compte tester d'ici peu mais qui a été volé quelques jours auparavant. Le NCIS espère coincer le voleur en lui tendant un piège suite à un email anonyme reçu quatre jours avant. Lors de la planque, McGee et Tony sont attirés par un deal de drogue qui a lieu sous leurs yeux depuis quelques jours.

[5.13] Le meilleur ami de l'homme / Dog Tags : Lorsque l'équipe du NCIS enquête sur un chien présumé dangereux, McGee se fait attaquer par ce chien. Il parvient à blesser l'animal, en lui tirant dessus. Pendant ce temps, un corps a été découvert. Il semblerait que ce soit le chien qui ait tué cet homme. Abby met sa carrière en jeu pour prouver l'innocence du chien afin de lui sauver la vie.

[5.14] Au banc des accusés / Internal Affairs : Lorsque le cadavre du revendeur d'armes « La Grenouille » est découvert, l'équipe du NCIS est placé sous enquête par le FBI. Jenny Shepard devient le principal suspect. Gibbs et son équipe vont devoir enquêter officieusement sur le meurtre pour prouver que la directrice est innocente et trouver le vrai tueur.

[5.15] Good morning Bagdad / In the Zone : Une attaque au mortier à Bagdad cache un meurtre, deux membres de l'équipe de NCIS sont envoyés en Irak pour résoudre l'affaire.

[5.16] Rencontre fatale / Recoil : Ziva est en mission d'infiltration. Cette mission prend un tournant mortel lorsque le tueur en série suspecte Ziva d'être une agent fédérale. Ils se battent, et Ziva n'a d'autres choix que de le tuer.

[5.17] Le vrai courage / About face : Un mystérieux tueur tire sur Jimmy Palmer. Jimmy est le seul qui peut le reconnaître.

[5.18] Le jugement dernier 1 / Judgement Day 1 : La directrice Shepard se rend à l'enterrement d'un ancien agent du NCIS, à Los Angeles. Au cours de celui-ci, elle entend un nom surgit du passé. Elle congédie Tony et Ziva, chargés de sa protection et fait appel à Mike Franks. Alors que ces derniers ont un mauvais pressentiment et cherchent à la retrouver, la menace se précise autour de la directrice.

[5.19] Le jugement dernier 2 / Judgement Day 2 : Après la mort de l'un des siens, le NCIS se réorganise. Gibbs prend les choses en main. Une surprise est concoctée, par le nouveau directeur du NCIS à Gibbs et son équipe, dans les 5 dernières minutes de cet épisode. La saison 6 part dans l'inconnu.

Résumé @Wikipédia

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